Il a pris cette décision en vertu d'une loi adoptée fin octobre par le Congrès, selon des documents judiciaires.
Dans une lettre envoyée à la Cour suprême des Etats-Unis, dont l'AFP s'est procuré copie mardi, le gouvernement Obama explique que, "le 13 novembre, le secrétaire (Gates) a personnellement exercé l'autorité qui lui a été dévolue par la loi à propos de 21 photographies dont le sort est devant la Cour suprême et de 23 autres, identifiées dans un arrêt de cour d'appel".
Prises entre le 11 Septembre 2001 et le 22 janvier 2009, les photos décrivent en effet "le traitement infligé ou subi par des personnes engagées ou détenues après le 11-Septembre par les forces armées américaines hors des Etats-Unis".
"Leur publication mettrait en danger les citoyens américains, membres des forces armées ou employés par les Etats-Unis, déployés hors du territoire", précise encore le gouvernement, citant la décision de M. Gates.
"Nous sommes déçus (...), ces photos constituent une part importante de nos archives historiques et sont capitales dans le débat en cours sur les responsabilités" dans les mauvais traitements subis par les prisonniers en Irak et en Afghanistan, a estimé dans un communiqué l'Association de défense des libertés civiles (ACLU).
C'est cette association qui, au printemps 2009, avait obtenu en justice la publication des photos.
Alors que le Pentagone semblait prêt à les rendre publiques, le 13 mai, le président Barack Obama avait bloqué toute parution des photos, estimant qu'elles risquaient d'"attiser encore davantage les sentiments anti-américains et d'exposer nos soldats à un danger plus grand".
Le gouvernement avait alors saisi la Cour suprême pour qu'elle interdise la publication. Mais le Congrès est allé plus vite et a ajouté, à l'unanimité fin octobre, une clause à la loi sur le budget de la Sécurité intérieure, donnant autorité au secrétaire à la Défense de refuser de publier ce type de photos, s'il peut certifier qu'elles mettraient en danger des Américains.
Dans sa lettre, le gouvernement Obama explique que la plus haute juridiction des Etats-Unis n'a plus besoin d'examiner la question.